Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 UPK3B-201ENST00000257632 1296 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 DRAP1-205ENST00000527119 581 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 AL807752.6-202ENST00000622933 765 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 SPACA6-213ENST00000637797 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 MPG-201ENST00000219431 1193 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 HBZP1-201ENST00000354915 429 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 AC004080.2-201ENST00000523331 556 ntTSL 4 BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 HSD11B1L-205ENST00000422535 730 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 LINC01024-205ENST00000521563 939 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 GCSHP2-201ENST00000560971 527 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 CRYBB2P1-202ENST00000382734 1364 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 MTHFS-202ENST00000559722 948 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 AL136038.3-201ENST00000561909 1096 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP54Q70EL1 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC25.83■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 IL6R-208ENST00000622330 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 KREMEN2-206ENST00000575885 1798 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 TSPAN14-202ENST00000341863 1037 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 88.4 ms