Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
HOXC9P31274 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 AL671277.2-201ENST00000458060 996 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 GPHA2-202ENST00000532246 466 ntTSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 MIR4674-201ENST00000582457 87 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 AC005906.2-206ENST00000638180 1029 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 AVL9-209ENST00000640103 1367 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 OR13J1-201ENST00000377981 1339 ntAPPRIS P1 BASIC25.69■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 AC004540.1-201ENST00000439120 891 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 PHB2-202ENST00000440277 996 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 AC009947.2-201ENST00000444014 672 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 NDUFB10-202ENST00000543683 830 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 C17orf49-208ENST00000552402 760 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 CENPS-CORT-205ENST00000602787 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 SAYSD1-201ENST00000229903 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 HAUS4-217ENST00000555367 1454 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC25.68■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 AC004080.5-201ENST00000498652 368 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 MRPL46-202ENST00000558531 1002 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 UBE2C-208ENST00000617055 705 ntTSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 CRYBB2P1-202ENST00000382734 1364 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 GPX4-201ENST00000354171 919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 INSL3-202ENST00000379695 899 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 KLHL21-204ENST00000467612 1056 ntTSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 AF186192.2-201ENST00000524514 423 ntTSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 CRADD-202ENST00000542893 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC25.66■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 CATIP-AS1-202ENST00000441749 480 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 EEF1D-243ENST00000532400 419 ntTSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 CYP2D7-203ENST00000433992 1740 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 CYP2D7-207ENST00000612115 1734 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 AC005332.1-201ENST00000577698 1310 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
HOXC9P31274 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.3 ms