Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 POMZP3-201ENST00000275569 1259 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 HCG11-201ENST00000411553 5696 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF18-202ENST00000359920 5733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 CHRNA4-207ENST00000615287 5643 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 MARK2-203ENST00000377810 4560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 TPM1-226ENST00000560959 925 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 UBXN2A-201ENST00000309033 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC18.89■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 SHANK1-202ENST00000359082 6459 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC18.89■□□□□ 0.62
CCDC3Q9BQI4 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 FDX2-206ENST00000492239 773 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 AC011298.2-201ENST00000617989 482 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 ALKBH6-213ENST00000486389 1525 ntTSL 3 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.8 ms