Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 ADNP2-201ENST00000262198 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 UBE2N-201ENST00000318066 5186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 CDC42EP1-201ENST00000249014 2181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 MYH14-208ENST00000598205 6137 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 FSTL1-201ENST00000295633 5943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 GXYLT1-202ENST00000398675 7497 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 ZFP92-201ENST00000338647 6105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 WWC1-201ENST00000265293 7130 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 RPS6KA1-203ENST00000374166 3131 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 PIK3R1-201ENST00000320694 2625 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 CPAMD8-202ENST00000388925 5355 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 AGO4-201ENST00000373210 7116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 96.9 ms