Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD3P31249 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD3P31249 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC15.07■□□□□ 0
HOXD3P31249 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD3P31249 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD3P31249 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD3P31249 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD3P31249 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD3P31249 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD3P31249 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC15.07■□□□□ 0
HOXD3P31249 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD3P31249 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD3P31249 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD3P31249 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD3P31249 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD3P31249 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD3P31249 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD3P31249 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD3P31249 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD3P31249 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD3P31249 ALKBH6-213ENST00000486389 1525 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD3P31249 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD3P31249 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD3P31249 ZNRF1-202ENST00000335325 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD3P31249 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD3P31249 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD3P31249 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD3P31249 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD3P31249 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD3P31249 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD3P31249 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD3P31249 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD3P31249 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD3P31249 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD3P31249 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD3P31249 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC15.06■□□□□ 0
HOXD3P31249 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC15.06■□□□□ 0
HOXD3P31249 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD3P31249 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD3P31249 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD3P31249 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD3P31249 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD3P31249 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD3P31249 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD3P31249 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD3P31249 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC15.06■□□□□ 0
HOXD3P31249 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD3P31249 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD3P31249 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD3P31249 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD3P31249 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
HOXD3P31249 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
HOXD3P31249 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
HOXD3P31249 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
HOXD3P31249 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
HOXD3P31249 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
HOXD3P31249 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
HOXD3P31249 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
HOXD3P31249 CACNA1A-225ENST00000636389 8137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
HOXD3P31249 AGFG2-201ENST00000300176 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
HOXD3P31249 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
HOXD3P31249 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
HOXD3P31249 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
HOXD3P31249 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC15.05■□□□□ -0
HOXD3P31249 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
HOXD3P31249 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
HOXD3P31249 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
HOXD3P31249 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
HOXD3P31249 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC15.05■□□□□ -0
HOXD3P31249 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
HOXD3P31249 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
HOXD3P31249 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
HOXD3P31249 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
HOXD3P31249 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
HOXD3P31249 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
HOXD3P31249 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
HOXD3P31249 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
HOXD3P31249 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
HOXD3P31249 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
HOXD3P31249 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
HOXD3P31249 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
HOXD3P31249 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
HOXD3P31249 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
HOXD3P31249 CADPS2-208ENST00000615869 6066 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
HOXD3P31249 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
HOXD3P31249 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
HOXD3P31249 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
HOXD3P31249 CDK13-201ENST00000181839 7298 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
HOXD3P31249 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
HOXD3P31249 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
HOXD3P31249 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
HOXD3P31249 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
HOXD3P31249 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
HOXD3P31249 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
HOXD3P31249 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
HOXD3P31249 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
HOXD3P31249 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
HOXD3P31249 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
HOXD3P31249 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC15.04■□□□□ -0
HOXD3P31249 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.3 ms