Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6R9

CCDC61, Coiled-coil domain-containing protein 61, humanhuman

Predictions only

Length 512 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC61Q9Y6R9 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC61Q9Y6R9 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC61Q9Y6R9 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC61Q9Y6R9 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC61Q9Y6R9 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC61Q9Y6R9 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC61Q9Y6R9 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC61Q9Y6R9 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC61Q9Y6R9 HSPB6-201ENST00000004982 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC61Q9Y6R9 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC61Q9Y6R9 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC61Q9Y6R9 AC005606.2-201ENST00000564438 614 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC61Q9Y6R9 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC61Q9Y6R9 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC61Q9Y6R9 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC61Q9Y6R9 KRT17-205ENST00000540235 1438 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC61Q9Y6R9 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC61Q9Y6R9 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
CCDC61Q9Y6R9 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
CCDC61Q9Y6R9 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
CCDC61Q9Y6R9 TSC22D4-202ENST00000393991 1469 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
CCDC61Q9Y6R9 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 ROMO1-202ENST00000374072 350 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 PIEZO1-202ENST00000327397 1246 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 RTBDN-202ENST00000393233 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 NDUFV2-207ENST00000497577 868 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 APBB1-210ENST00000530885 1626 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 MOK-234ENST00000524370 1165 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 OCIAD2-201ENST00000273860 636 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 OCIAD2-210ENST00000620187 697 ntTSL 3 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 TBC1D10C-201ENST00000312390 1497 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC61Q9Y6R9 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.6 ms