Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 AC026362.1-201ENST00000540866 5618 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 FLT1-209ENST00000639477 6337 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 RIMBP3-201ENST00000619918 6105 ntAPPRIS P1 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 TAPT1-201ENST00000405303 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 PPP1R14BP5-201ENST00000440334 435 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 HOOK1-201ENST00000371208 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.1 ms