Protein–RNA interactions for Protein: P52948

NUP98, Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96, humanhuman

Predictions only

Length 1,817 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP98P52948 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
NUP98P52948 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
NUP98P52948 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
NUP98P52948 ROMO1-202ENST00000374072 350 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
NUP98P52948 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
NUP98P52948 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
NUP98P52948 REEP1-207ENST00000535845 1196 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
NUP98P52948 GPX4-207ENST00000589115 812 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
NUP98P52948 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
NUP98P52948 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
NUP98P52948 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
NUP98P52948 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
NUP98P52948 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP98P52948 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP98P52948 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP98P52948 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP98P52948 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP98P52948 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP98P52948 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP98P52948 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP98P52948 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP98P52948 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP98P52948 FAM131A-204ENST00000418281 1664 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP98P52948 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP98P52948 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP98P52948 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP98P52948 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP98P52948 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP98P52948 DNAJC28-201ENST00000314399 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP98P52948 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP98P52948 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP98P52948 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP98P52948 CKBP1-201ENST00000565489 1086 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP98P52948 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP98P52948 AC116407.4-201ENST00000623319 1061 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP98P52948 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
NUP98P52948 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
NUP98P52948 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
NUP98P52948 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
NUP98P52948 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
NUP98P52948 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
NUP98P52948 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
NUP98P52948 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
NUP98P52948 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
NUP98P52948 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
NUP98P52948 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
NUP98P52948 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
NUP98P52948 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
NUP98P52948 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP98P52948 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP98P52948 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP98P52948 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP98P52948 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP98P52948 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP98P52948 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP98P52948 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP98P52948 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP98P52948 KRT8P11-201ENST00000409686 1436 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP98P52948 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP98P52948 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP98P52948 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP98P52948 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP98P52948 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP98P52948 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP98P52948 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP98P52948 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP98P52948 COX11P1-201ENST00000489116 835 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP98P52948 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP98P52948 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP98P52948 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP98P52948 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP98P52948 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP98P52948 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP98P52948 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP98P52948 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP98P52948 HSPB6-201ENST00000004982 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP98P52948 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP98P52948 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP98P52948 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP98P52948 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP98P52948 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP98P52948 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP98P52948 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP98P52948 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP98P52948 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP98P52948 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP98P52948 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
NUP98P52948 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
NUP98P52948 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
NUP98P52948 GPRC5C-205ENST00000481232 1592 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
NUP98P52948 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
NUP98P52948 AGTRAP-201ENST00000314340 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
NUP98P52948 AL133410.2-201ENST00000425499 696 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
NUP98P52948 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
NUP98P52948 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
NUP98P52948 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
NUP98P52948 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
NUP98P52948 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
NUP98P52948 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
NUP98P52948 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.2 ms