Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG1P18858 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG1P18858 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG1P18858 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG1P18858 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG1P18858 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG1P18858 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG1P18858 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG1P18858 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG1P18858 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG1P18858 HOOK1-201ENST00000371208 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG1P18858 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG1P18858 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG1P18858 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG1P18858 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG1P18858 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG1P18858 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG1P18858 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG1P18858 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIG1P18858 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIG1P18858 INSR-201ENST00000302850 4721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIG1P18858 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIG1P18858 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIG1P18858 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIG1P18858 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIG1P18858 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIG1P18858 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIG1P18858 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIG1P18858 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIG1P18858 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIG1P18858 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIG1P18858 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIG1P18858 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIG1P18858 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIG1P18858 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIG1P18858 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIG1P18858 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIG1P18858 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIG1P18858 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIG1P18858 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIG1P18858 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
LIG1P18858 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIG1P18858 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIG1P18858 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIG1P18858 EFS-201ENST00000216733 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIG1P18858 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
LIG1P18858 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIG1P18858 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIG1P18858 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIG1P18858 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIG1P18858 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIG1P18858 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIG1P18858 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIG1P18858 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIG1P18858 ASMTL-201ENST00000381317 2027 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIG1P18858 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIG1P18858 CACNA1I-204ENST00000407673 5952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIG1P18858 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIG1P18858 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIG1P18858 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIG1P18858 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
LIG1P18858 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIG1P18858 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIG1P18858 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIG1P18858 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIG1P18858 UBE2K-203ENST00000445950 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIG1P18858 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIG1P18858 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIG1P18858 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIG1P18858 TM9SF1-206ENST00000528669 2425 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIG1P18858 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIG1P18858 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
LIG1P18858 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
LIG1P18858 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
LIG1P18858 EVC-201ENST00000264956 6431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
LIG1P18858 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
LIG1P18858 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG1P18858 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG1P18858 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG1P18858 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG1P18858 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG1P18858 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG1P18858 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG1P18858 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG1P18858 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG1P18858 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG1P18858 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG1P18858 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG1P18858 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG1P18858 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG1P18858 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG1P18858 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG1P18858 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG1P18858 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG1P18858 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG1P18858 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIG1P18858 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIG1P18858 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIG1P18858 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIG1P18858 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.2 ms