Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
USP41Q3LFD5 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
USP41Q3LFD5 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
USP41Q3LFD5 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
USP41Q3LFD5 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
USP41Q3LFD5 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
USP41Q3LFD5 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
USP41Q3LFD5 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
USP41Q3LFD5 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
USP41Q3LFD5 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.54■■■□□ 2
USP41Q3LFD5 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
USP41Q3LFD5 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
USP41Q3LFD5 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
USP41Q3LFD5 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
USP41Q3LFD5 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC27.52■■■□□ 2
USP41Q3LFD5 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC27.51■■■□□ 2
USP41Q3LFD5 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
USP41Q3LFD5 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC27.51■■□□□ 1.99
USP41Q3LFD5 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
USP41Q3LFD5 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC27.51■■□□□ 1.99
USP41Q3LFD5 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP41Q3LFD5 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP41Q3LFD5 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC27.49■■□□□ 1.99
USP41Q3LFD5 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
USP41Q3LFD5 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
USP41Q3LFD5 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
USP41Q3LFD5 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
USP41Q3LFD5 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
USP41Q3LFD5 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
USP41Q3LFD5 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
USP41Q3LFD5 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.46■■□□□ 1.99
USP41Q3LFD5 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
USP41Q3LFD5 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
USP41Q3LFD5 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
USP41Q3LFD5 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC27.45■■□□□ 1.98
USP41Q3LFD5 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC27.45■■□□□ 1.98
USP41Q3LFD5 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
USP41Q3LFD5 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
USP41Q3LFD5 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
USP41Q3LFD5 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
USP41Q3LFD5 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
USP41Q3LFD5 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP41Q3LFD5 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP41Q3LFD5 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP41Q3LFD5 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP41Q3LFD5 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP41Q3LFD5 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP41Q3LFD5 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
USP41Q3LFD5 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP41Q3LFD5 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP41Q3LFD5 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP41Q3LFD5 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP41Q3LFD5 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
USP41Q3LFD5 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP41Q3LFD5 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP41Q3LFD5 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
USP41Q3LFD5 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
USP41Q3LFD5 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
USP41Q3LFD5 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
USP41Q3LFD5 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
USP41Q3LFD5 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP41Q3LFD5 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP41Q3LFD5 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP41Q3LFD5 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP41Q3LFD5 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP41Q3LFD5 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP41Q3LFD5 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
USP41Q3LFD5 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
USP41Q3LFD5 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
USP41Q3LFD5 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC27.35■■□□□ 1.97
USP41Q3LFD5 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
USP41Q3LFD5 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
USP41Q3LFD5 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
USP41Q3LFD5 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP41Q3LFD5 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP41Q3LFD5 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP41Q3LFD5 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
USP41Q3LFD5 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP41Q3LFD5 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP41Q3LFD5 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP41Q3LFD5 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP41Q3LFD5 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP41Q3LFD5 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP41Q3LFD5 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
USP41Q3LFD5 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
USP41Q3LFD5 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
USP41Q3LFD5 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
USP41Q3LFD5 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
USP41Q3LFD5 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP41Q3LFD5 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP41Q3LFD5 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP41Q3LFD5 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP41Q3LFD5 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP41Q3LFD5 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP41Q3LFD5 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP41Q3LFD5 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP41Q3LFD5 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP41Q3LFD5 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP41Q3LFD5 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP41Q3LFD5 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.3 ms