Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC31.47■■■□□ 2.63
SCN9AQ15858 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC31.47■■■□□ 2.63
SCN9AQ15858 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
SCN9AQ15858 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
SCN9AQ15858 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.45■■■□□ 2.63
SCN9AQ15858 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.63
SCN9AQ15858 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.62
SCN9AQ15858 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.62
SCN9AQ15858 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC31.45■■■□□ 2.62
SCN9AQ15858 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
SCN9AQ15858 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.43■■■□□ 2.62
SCN9AQ15858 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC31.43■■■□□ 2.62
SCN9AQ15858 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
SCN9AQ15858 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.42■■■□□ 2.62
SCN9AQ15858 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
SCN9AQ15858 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC31.42■■■□□ 2.62
SCN9AQ15858 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
SCN9AQ15858 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC31.41■■■□□ 2.62
SCN9AQ15858 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC31.41■■■□□ 2.62
SCN9AQ15858 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.4■■■□□ 2.62
SCN9AQ15858 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC31.4■■■□□ 2.62
SCN9AQ15858 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC31.39■■■□□ 2.62
SCN9AQ15858 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.39■■■□□ 2.62
SCN9AQ15858 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC31.39■■■□□ 2.62
SCN9AQ15858 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC31.39■■■□□ 2.62
SCN9AQ15858 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.39■■■□□ 2.61
SCN9AQ15858 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.39■■■□□ 2.61
SCN9AQ15858 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC31.38■■■□□ 2.61
SCN9AQ15858 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.36■■■□□ 2.61
SCN9AQ15858 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.36■■■□□ 2.61
SCN9AQ15858 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC31.36■■■□□ 2.61
SCN9AQ15858 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.36■■■□□ 2.61
SCN9AQ15858 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.36■■■□□ 2.61
SCN9AQ15858 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.36■■■□□ 2.61
SCN9AQ15858 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
SCN9AQ15858 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.34■■■□□ 2.61
SCN9AQ15858 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC31.34■■■□□ 2.61
SCN9AQ15858 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC31.34■■■□□ 2.61
SCN9AQ15858 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC31.34■■■□□ 2.61
SCN9AQ15858 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.34■■■□□ 2.61
SCN9AQ15858 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.33■■■□□ 2.61
SCN9AQ15858 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC31.32■■■□□ 2.6
SCN9AQ15858 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
SCN9AQ15858 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
SCN9AQ15858 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC31.31■■■□□ 2.6
SCN9AQ15858 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC31.3■■■□□ 2.6
SCN9AQ15858 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.3■■■□□ 2.6
SCN9AQ15858 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC31.3■■■□□ 2.6
SCN9AQ15858 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC31.3■■■□□ 2.6
SCN9AQ15858 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
SCN9AQ15858 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
SCN9AQ15858 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC31.3■■■□□ 2.6
SCN9AQ15858 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
SCN9AQ15858 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.29■■■□□ 2.6
SCN9AQ15858 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC31.29■■■□□ 2.6
SCN9AQ15858 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC31.29■■■□□ 2.6
SCN9AQ15858 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.29■■■□□ 2.6
SCN9AQ15858 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.29■■■□□ 2.6
SCN9AQ15858 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.6
SCN9AQ15858 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.6
SCN9AQ15858 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC31.28■■■□□ 2.6
SCN9AQ15858 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC31.27■■■□□ 2.6
SCN9AQ15858 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.59
SCN9AQ15858 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.26■■■□□ 2.59
SCN9AQ15858 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
SCN9AQ15858 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC31.25■■■□□ 2.59
SCN9AQ15858 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
SCN9AQ15858 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
SCN9AQ15858 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC31.24■■■□□ 2.59
SCN9AQ15858 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
SCN9AQ15858 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
SCN9AQ15858 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
SCN9AQ15858 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
SCN9AQ15858 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC31.22■■■□□ 2.59
SCN9AQ15858 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.22■■■□□ 2.59
SCN9AQ15858 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC31.22■■■□□ 2.59
SCN9AQ15858 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
SCN9AQ15858 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC31.21■■■□□ 2.59
SCN9AQ15858 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
SCN9AQ15858 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC31.21■■■□□ 2.59
SCN9AQ15858 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC31.2■■■□□ 2.59
SCN9AQ15858 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC31.2■■■□□ 2.59
SCN9AQ15858 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC31.2■■■□□ 2.59
SCN9AQ15858 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.19■■■□□ 2.58
SCN9AQ15858 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC31.19■■■□□ 2.58
SCN9AQ15858 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC31.19■■■□□ 2.58
SCN9AQ15858 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC31.19■■■□□ 2.58
SCN9AQ15858 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC31.18■■■□□ 2.58
SCN9AQ15858 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
SCN9AQ15858 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC31.17■■■□□ 2.58
SCN9AQ15858 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
SCN9AQ15858 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
SCN9AQ15858 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
SCN9AQ15858 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC31.16■■■□□ 2.58
SCN9AQ15858 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
SCN9AQ15858 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC31.16■■■□□ 2.58
SCN9AQ15858 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
SCN9AQ15858 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC31.14■■■□□ 2.58
SCN9AQ15858 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC31.14■■■□□ 2.58
SCN9AQ15858 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC31.14■■■□□ 2.58
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