Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
SF3A1Q15459 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.31
SF3A1Q15459 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.31
SF3A1Q15459 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.31
SF3A1Q15459 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
SF3A1Q15459 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
SF3A1Q15459 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
SF3A1Q15459 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
SF3A1Q15459 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
SF3A1Q15459 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
SF3A1Q15459 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
SF3A1Q15459 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
SF3A1Q15459 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
SF3A1Q15459 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
SF3A1Q15459 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.41■■■□□ 2.3
SF3A1Q15459 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
SF3A1Q15459 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC29.41■■■□□ 2.3
SF3A1Q15459 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
SF3A1Q15459 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
SF3A1Q15459 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
SF3A1Q15459 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
SF3A1Q15459 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
SF3A1Q15459 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
SF3A1Q15459 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
SF3A1Q15459 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.29
SF3A1Q15459 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
SF3A1Q15459 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC29.38■■■□□ 2.29
SF3A1Q15459 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC29.38■■■□□ 2.29
SF3A1Q15459 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
SF3A1Q15459 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
SF3A1Q15459 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC29.37■■■□□ 2.29
SF3A1Q15459 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
SF3A1Q15459 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
SF3A1Q15459 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
SF3A1Q15459 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
SF3A1Q15459 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
SF3A1Q15459 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
SF3A1Q15459 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
SF3A1Q15459 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC29.35■■■□□ 2.29
SF3A1Q15459 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC29.35■■■□□ 2.29
SF3A1Q15459 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC29.34■■■□□ 2.29
SF3A1Q15459 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
SF3A1Q15459 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
SF3A1Q15459 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
SF3A1Q15459 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
SF3A1Q15459 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
SF3A1Q15459 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
SF3A1Q15459 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
SF3A1Q15459 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC29.32■■■□□ 2.28
SF3A1Q15459 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
SF3A1Q15459 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
SF3A1Q15459 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC29.31■■■□□ 2.28
SF3A1Q15459 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
SF3A1Q15459 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SF3A1Q15459 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SF3A1Q15459 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SF3A1Q15459 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
SF3A1Q15459 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
SF3A1Q15459 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
SF3A1Q15459 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
SF3A1Q15459 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC29.28■■■□□ 2.28
SF3A1Q15459 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
SF3A1Q15459 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
SF3A1Q15459 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
SF3A1Q15459 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC29.27■■■□□ 2.28
SF3A1Q15459 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
SF3A1Q15459 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
SF3A1Q15459 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
SF3A1Q15459 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
SF3A1Q15459 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
SF3A1Q15459 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
SF3A1Q15459 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
SF3A1Q15459 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC29.24■■■□□ 2.27
SF3A1Q15459 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
SF3A1Q15459 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
SF3A1Q15459 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC29.23■■■□□ 2.27
SF3A1Q15459 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
SF3A1Q15459 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC29.23■■■□□ 2.27
SF3A1Q15459 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
SF3A1Q15459 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
SF3A1Q15459 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC29.22■■■□□ 2.27
SF3A1Q15459 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
SF3A1Q15459 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
SF3A1Q15459 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
SF3A1Q15459 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
SF3A1Q15459 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
SF3A1Q15459 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
SF3A1Q15459 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
SF3A1Q15459 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
SF3A1Q15459 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.27
SF3A1Q15459 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
SF3A1Q15459 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
SF3A1Q15459 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC29.19■■■□□ 2.26
SF3A1Q15459 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
SF3A1Q15459 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC29.18■■■□□ 2.26
SF3A1Q15459 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC29.18■■■□□ 2.26
SF3A1Q15459 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
SF3A1Q15459 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
SF3A1Q15459 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
SF3A1Q15459 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.8 ms