Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL7A1Q02388 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL7A1Q02388 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL7A1Q02388 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL7A1Q02388 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL7A1Q02388 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL7A1Q02388 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL7A1Q02388 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL7A1Q02388 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL7A1Q02388 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL7A1Q02388 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
COL7A1Q02388 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
COL7A1Q02388 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
COL7A1Q02388 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
COL7A1Q02388 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC18.82■□□□□ 0.6
COL7A1Q02388 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
COL7A1Q02388 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC18.82■□□□□ 0.6
COL7A1Q02388 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
COL7A1Q02388 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
COL7A1Q02388 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
COL7A1Q02388 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
COL7A1Q02388 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
COL7A1Q02388 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
COL7A1Q02388 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
COL7A1Q02388 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
COL7A1Q02388 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.81■□□□□ 0.6
COL7A1Q02388 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
COL7A1Q02388 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
COL7A1Q02388 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC18.81■□□□□ 0.6
COL7A1Q02388 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
COL7A1Q02388 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
COL7A1Q02388 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
COL7A1Q02388 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
COL7A1Q02388 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
COL7A1Q02388 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
COL7A1Q02388 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
COL7A1Q02388 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC18.78■□□□□ 0.6
COL7A1Q02388 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
COL7A1Q02388 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
COL7A1Q02388 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
COL7A1Q02388 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
COL7A1Q02388 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
COL7A1Q02388 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.59
COL7A1Q02388 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
COL7A1Q02388 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
COL7A1Q02388 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
COL7A1Q02388 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
COL7A1Q02388 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
COL7A1Q02388 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
COL7A1Q02388 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC18.75■□□□□ 0.59
COL7A1Q02388 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC18.75■□□□□ 0.59
COL7A1Q02388 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
COL7A1Q02388 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL7A1Q02388 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL7A1Q02388 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL7A1Q02388 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL7A1Q02388 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL7A1Q02388 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL7A1Q02388 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL7A1Q02388 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL7A1Q02388 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL7A1Q02388 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL7A1Q02388 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL7A1Q02388 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL7A1Q02388 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL7A1Q02388 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL7A1Q02388 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL7A1Q02388 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL7A1Q02388 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL7A1Q02388 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL7A1Q02388 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL7A1Q02388 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL7A1Q02388 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC18.67■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC18.67■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC18.66■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.65■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.9 ms