Protein–RNA interactions for Protein: P43489

TNFRSF4, Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4, humanhuman

Predictions only

Length 277 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFRSF4P43489 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
TNFRSF4P43489 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
TNFRSF4P43489 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC26.24■■□□□ 1.79
TNFRSF4P43489 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
TNFRSF4P43489 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
TNFRSF4P43489 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
TNFRSF4P43489 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
TNFRSF4P43489 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
TNFRSF4P43489 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
TNFRSF4P43489 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
TNFRSF4P43489 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC26.21■■□□□ 1.79
TNFRSF4P43489 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
TNFRSF4P43489 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
TNFRSF4P43489 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
TNFRSF4P43489 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
TNFRSF4P43489 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
TNFRSF4P43489 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
TNFRSF4P43489 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
TNFRSF4P43489 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
TNFRSF4P43489 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
TNFRSF4P43489 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
TNFRSF4P43489 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
TNFRSF4P43489 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
TNFRSF4P43489 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
TNFRSF4P43489 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC26.16■■□□□ 1.78
TNFRSF4P43489 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
TNFRSF4P43489 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
TNFRSF4P43489 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
TNFRSF4P43489 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
TNFRSF4P43489 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
TNFRSF4P43489 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
TNFRSF4P43489 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
TNFRSF4P43489 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
TNFRSF4P43489 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
TNFRSF4P43489 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
TNFRSF4P43489 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
TNFRSF4P43489 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
TNFRSF4P43489 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
TNFRSF4P43489 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
TNFRSF4P43489 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
TNFRSF4P43489 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
TNFRSF4P43489 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC26.12■■□□□ 1.77
TNFRSF4P43489 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
TNFRSF4P43489 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
TNFRSF4P43489 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
TNFRSF4P43489 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
TNFRSF4P43489 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
TNFRSF4P43489 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
TNFRSF4P43489 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC26.1■■□□□ 1.77
TNFRSF4P43489 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
TNFRSF4P43489 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
TNFRSF4P43489 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
TNFRSF4P43489 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
TNFRSF4P43489 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
TNFRSF4P43489 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
TNFRSF4P43489 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
TNFRSF4P43489 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
TNFRSF4P43489 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
TNFRSF4P43489 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
TNFRSF4P43489 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
TNFRSF4P43489 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
TNFRSF4P43489 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
TNFRSF4P43489 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC26.05■■□□□ 1.76
TNFRSF4P43489 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
TNFRSF4P43489 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
TNFRSF4P43489 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
TNFRSF4P43489 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
TNFRSF4P43489 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
TNFRSF4P43489 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
TNFRSF4P43489 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
TNFRSF4P43489 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
TNFRSF4P43489 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
TNFRSF4P43489 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
TNFRSF4P43489 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
TNFRSF4P43489 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
TNFRSF4P43489 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC26.01■■□□□ 1.75
TNFRSF4P43489 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
TNFRSF4P43489 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC26.01■■□□□ 1.75
TNFRSF4P43489 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC26.01■■□□□ 1.75
TNFRSF4P43489 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC26■■□□□ 1.75
TNFRSF4P43489 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
TNFRSF4P43489 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
TNFRSF4P43489 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
TNFRSF4P43489 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC25.99■■□□□ 1.75
TNFRSF4P43489 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
TNFRSF4P43489 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
TNFRSF4P43489 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
TNFRSF4P43489 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
TNFRSF4P43489 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
TNFRSF4P43489 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
TNFRSF4P43489 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
TNFRSF4P43489 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
TNFRSF4P43489 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
TNFRSF4P43489 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
TNFRSF4P43489 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
TNFRSF4P43489 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
TNFRSF4P43489 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
TNFRSF4P43489 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
TNFRSF4P43489 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
TNFRSF4P43489 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15 ms