Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL6A3P12111 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL6A3P12111 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL6A3P12111 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL6A3P12111 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL6A3P12111 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL6A3P12111 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL6A3P12111 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL6A3P12111 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
COL6A3P12111 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
COL6A3P12111 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC27.79■■■□□ 2.04
COL6A3P12111 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL6A3P12111 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL6A3P12111 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL6A3P12111 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL6A3P12111 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL6A3P12111 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL6A3P12111 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL6A3P12111 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL6A3P12111 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL6A3P12111 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL6A3P12111 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL6A3P12111 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL6A3P12111 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL6A3P12111 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL6A3P12111 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL6A3P12111 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL6A3P12111 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL6A3P12111 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL6A3P12111 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL6A3P12111 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL6A3P12111 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL6A3P12111 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC27.71■■■□□ 2.03
COL6A3P12111 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL6A3P12111 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC27.7■■■□□ 2.03
COL6A3P12111 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
COL6A3P12111 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
COL6A3P12111 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL6A3P12111 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL6A3P12111 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL6A3P12111 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL6A3P12111 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL6A3P12111 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL6A3P12111 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL6A3P12111 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
COL6A3P12111 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL6A3P12111 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
COL6A3P12111 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL6A3P12111 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL6A3P12111 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL6A3P12111 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL6A3P12111 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL6A3P12111 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
COL6A3P12111 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL6A3P12111 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL6A3P12111 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
COL6A3P12111 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL6A3P12111 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
COL6A3P12111 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL6A3P12111 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL6A3P12111 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC27.61■■■□□ 2.01
COL6A3P12111 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL6A3P12111 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL6A3P12111 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
COL6A3P12111 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL6A3P12111 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL6A3P12111 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL6A3P12111 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL6A3P12111 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL6A3P12111 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL6A3P12111 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL6A3P12111 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
COL6A3P12111 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
COL6A3P12111 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
COL6A3P12111 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
COL6A3P12111 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
COL6A3P12111 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
COL6A3P12111 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.54■■■□□ 2
COL6A3P12111 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC27.54■■■□□ 2
COL6A3P12111 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
COL6A3P12111 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
COL6A3P12111 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
COL6A3P12111 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL6A3P12111 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL6A3P12111 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
COL6A3P12111 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
COL6A3P12111 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
COL6A3P12111 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
COL6A3P12111 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL6A3P12111 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL6A3P12111 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL6A3P12111 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL6A3P12111 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL6A3P12111 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL6A3P12111 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL6A3P12111 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL6A3P12111 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC27.46■■□□□ 1.99
COL6A3P12111 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL6A3P12111 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL6A3P12111 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC27.46■■□□□ 1.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.8 ms