Protein–RNA interactions for Protein: A6NMZ7

COL6A6, Collagen alpha-6(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,263 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A6A6NMZ7 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
COL6A6A6NMZ7 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A6A6NMZ7 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A6A6NMZ7 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A6A6NMZ7 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A6A6NMZ7 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL6A6A6NMZ7 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL6A6A6NMZ7 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL6A6A6NMZ7 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL6A6A6NMZ7 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL6A6A6NMZ7 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL6A6A6NMZ7 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL6A6A6NMZ7 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL6A6A6NMZ7 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL6A6A6NMZ7 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL6A6A6NMZ7 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL6A6A6NMZ7 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL6A6A6NMZ7 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL6A6A6NMZ7 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL6A6A6NMZ7 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL6A6A6NMZ7 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
COL6A6A6NMZ7 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL6A6A6NMZ7 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL6A6A6NMZ7 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL6A6A6NMZ7 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL6A6A6NMZ7 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL6A6A6NMZ7 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL6A6A6NMZ7 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
COL6A6A6NMZ7 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL6A6A6NMZ7 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL6A6A6NMZ7 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL6A6A6NMZ7 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL6A6A6NMZ7 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL6A6A6NMZ7 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL6A6A6NMZ7 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL6A6A6NMZ7 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL6A6A6NMZ7 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL6A6A6NMZ7 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL6A6A6NMZ7 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
COL6A6A6NMZ7 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL6A6A6NMZ7 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A6A6NMZ7 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A6A6NMZ7 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL6A6A6NMZ7 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL6A6A6NMZ7 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
COL6A6A6NMZ7 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
COL6A6A6NMZ7 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL6A6A6NMZ7 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL6A6A6NMZ7 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL6A6A6NMZ7 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL6A6A6NMZ7 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL6A6A6NMZ7 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL6A6A6NMZ7 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL6A6A6NMZ7 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL6A6A6NMZ7 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL6A6A6NMZ7 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL6A6A6NMZ7 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A6A6NMZ7 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A6A6NMZ7 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A6A6NMZ7 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL6A6A6NMZ7 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL6A6A6NMZ7 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL6A6A6NMZ7 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL6A6A6NMZ7 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL6A6A6NMZ7 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL6A6A6NMZ7 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL6A6A6NMZ7 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL6A6A6NMZ7 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL6A6A6NMZ7 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL6A6A6NMZ7 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL6A6A6NMZ7 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL6A6A6NMZ7 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL6A6A6NMZ7 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL6A6A6NMZ7 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL6A6A6NMZ7 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL6A6A6NMZ7 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL6A6A6NMZ7 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
COL6A6A6NMZ7 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL6A6A6NMZ7 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL6A6A6NMZ7 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL6A6A6NMZ7 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL6A6A6NMZ7 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL6A6A6NMZ7 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL6A6A6NMZ7 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL6A6A6NMZ7 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL6A6A6NMZ7 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL6A6A6NMZ7 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL6A6A6NMZ7 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL6A6A6NMZ7 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A6A6NMZ7 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A6A6NMZ7 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A6A6NMZ7 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A6A6NMZ7 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL6A6A6NMZ7 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL6A6A6NMZ7 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL6A6A6NMZ7 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
COL6A6A6NMZ7 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL6A6A6NMZ7 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL6A6A6NMZ7 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL6A6A6NMZ7 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.7 ms