Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 ALKBH6-213ENST00000486389 1525 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 AC026362.1-201ENST00000540866 5618 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC20.08■□□□□ 0.8
VPS28Q9UK41 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
VPS28Q9UK41 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
VPS28Q9UK41 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
VPS28Q9UK41 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
VPS28Q9UK41 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
VPS28Q9UK41 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
VPS28Q9UK41 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
VPS28Q9UK41 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
VPS28Q9UK41 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
VPS28Q9UK41 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms