Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL5A3P25940 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL5A3P25940 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL5A3P25940 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL5A3P25940 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL5A3P25940 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL5A3P25940 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL5A3P25940 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL5A3P25940 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL5A3P25940 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL5A3P25940 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL5A3P25940 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL5A3P25940 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL5A3P25940 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL5A3P25940 BUD23-201ENST00000265758 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL5A3P25940 CR769775.1-204ENST00000439760 747 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL5A3P25940 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
COL5A3P25940 NEK4P2-201ENST00000580004 1012 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
COL5A3P25940 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL5A3P25940 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL5A3P25940 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL5A3P25940 UNKL-202ENST00000301712 1431 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL5A3P25940 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
COL5A3P25940 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL5A3P25940 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL5A3P25940 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL5A3P25940 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL5A3P25940 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL5A3P25940 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL5A3P25940 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL5A3P25940 CRADD-202ENST00000542893 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL5A3P25940 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 MRPL43-205ENST00000370234 798 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 CLEC4GP1-201ENST00000596555 870 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 SNHG7-203ENST00000436596 509 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 YIPF2-209ENST00000590329 958 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 SPACA6-213ENST00000637797 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 OR13J1-201ENST00000377981 1339 ntAPPRIS P1 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 AC012313.10-201ENST00000623509 926 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 IL17C-201ENST00000244241 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 NDUFB10-202ENST00000543683 830 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 ELAC2-212ENST00000578071 579 ntTSL 4 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 AL513523.10-201ENST00000623024 1186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 HMBS-221ENST00000544387 1351 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 AP000347.1-209ENST00000437294 557 ntTSL 4 BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 MMAB-204ENST00000537236 1342 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 HSPB6-201ENST00000004982 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL5A3P25940 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.2 ms