Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 AKNA-205ENST00000374079 2138 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 CDC42EP1-201ENST00000249014 2181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 TMEM91-209ENST00000539627 1843 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.7 ms