Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 GXYLT1-202ENST00000398675 7497 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 CADPS2-202ENST00000334010 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 FGFR1-203ENST00000341462 6054 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 ALKBH6-213ENST00000486389 1525 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 PHLDA1-202ENST00000602540 5741 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC23■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SYNE3Q6ZMZ3 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.1 ms