Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 AC092865.7-201ENST00000641832 219 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 MAF1-201ENST00000322428 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 TMEM230-207ENST00000379286 1735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC16.82■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CHD3Q12873 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
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