Protein–RNA interactions for Protein: P04004

VTN, Vitronectin, humanhuman

Predictions only

Length 478 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VTNP04004 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VTNP04004 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
VTNP04004 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
VTNP04004 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
VTNP04004 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
VTNP04004 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
VTNP04004 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
VTNP04004 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
VTNP04004 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
VTNP04004 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VTNP04004 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VTNP04004 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
VTNP04004 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
VTNP04004 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VTNP04004 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
VTNP04004 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VTNP04004 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VTNP04004 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VTNP04004 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VTNP04004 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
VTNP04004 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VTNP04004 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VTNP04004 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VTNP04004 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VTNP04004 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VTNP04004 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VTNP04004 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VTNP04004 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VTNP04004 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VTNP04004 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VTNP04004 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VTNP04004 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VTNP04004 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
VTNP04004 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VTNP04004 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VTNP04004 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VTNP04004 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VTNP04004 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
VTNP04004 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
VTNP04004 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VTNP04004 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VTNP04004 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VTNP04004 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VTNP04004 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VTNP04004 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
VTNP04004 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VTNP04004 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VTNP04004 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
VTNP04004 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
VTNP04004 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VTNP04004 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VTNP04004 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VTNP04004 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
VTNP04004 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VTNP04004 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VTNP04004 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
VTNP04004 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VTNP04004 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VTNP04004 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VTNP04004 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VTNP04004 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VTNP04004 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VTNP04004 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VTNP04004 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VTNP04004 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VTNP04004 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VTNP04004 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
VTNP04004 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VTNP04004 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VTNP04004 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VTNP04004 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VTNP04004 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VTNP04004 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VTNP04004 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VTNP04004 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VTNP04004 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VTNP04004 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VTNP04004 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VTNP04004 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VTNP04004 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VTNP04004 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VTNP04004 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VTNP04004 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VTNP04004 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VTNP04004 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VTNP04004 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VTNP04004 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VTNP04004 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VTNP04004 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VTNP04004 AC008040.2-201ENST00000461049 708 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
VTNP04004 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
VTNP04004 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VTNP04004 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
VTNP04004 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VTNP04004 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VTNP04004 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VTNP04004 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VTNP04004 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
VTNP04004 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VTNP04004 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.6 ms