Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 RPL39L-203ENST00000455270 653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 AC093458.2-201ENST00000623150 629 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 SPINK2-207ENST00000631082 392 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 LENG9-203ENST00000611161 1916 ntAPPRIS P1 BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 MFAP1P1-201ENST00000442257 1255 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 CD320-202ENST00000537716 1119 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 EIF2B1-204ENST00000537073 1768 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 TPGS2-221ENST00000614939 1268 ntTSL 4 BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 ASNS-206ENST00000437628 1638 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 AKIRIN1-201ENST00000372984 1330 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 AC009947.2-201ENST00000444014 672 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 MUC1-212ENST00000457295 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 AC011298.2-201ENST00000617989 482 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 CYB561-205ENST00000542042 1302 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 OGFOD2-222ENST00000545317 1481 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 MINOS1-NBL1-204ENST00000602662 1623 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 TMEM230-206ENST00000379283 1660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 PTPA-216ENST00000432651 857 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 TXNDC12-205ENST00000610127 806 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 AP000550.4-202ENST00000639755 178 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 BET1L-202ENST00000332865 533 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 CATIP-AS1-202ENST00000441749 480 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms