Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 AC020922.1-201ENST00000591954 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 PLK5-201ENST00000334770 2106 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 PIK3R1-201ENST00000320694 2625 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.5 ms