Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 GPR146-201ENST00000397095 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 MORF4L1-201ENST00000331268 2359 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 ANXA8L1-201ENST00000584982 2174 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 ILDR2-203ENST00000469934 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 PRSS36-202ENST00000418068 2446 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 PTGES2-AS1-201ENST00000443493 2100 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2Z-201ENST00000360943 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 REPS1-203ENST00000409812 2511 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 MEN1-209ENST00000394376 3034 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 ALKBH6-213ENST00000486389 1525 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.1 ms