Protein–RNA interactions for Protein: Q9NP79

VTA1, Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 307 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VTA1Q9NP79 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 SLC52A2-205ENST00000526752 710 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
VTA1Q9NP79 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 CENPA-201ENST00000233505 1299 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 ALKBH6-213ENST00000486389 1525 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 POMZP3-201ENST00000275569 1259 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VTA1Q9NP79 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.1 ms