Protein–RNA interactions for Protein: O15259

NPHP1, Nephrocystin-1, humanhuman

Predictions only

Length 732 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP1O15259 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP1O15259 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP1O15259 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP1O15259 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP1O15259 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP1O15259 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP1O15259 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP1O15259 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP1O15259 TMEM234-203ENST00000373593 1411 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP1O15259 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP1O15259 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC24.89■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 BDKRB1-204ENST00000611804 1085 ntAPPRIS P1 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 KLHL29-203ENST00000486442 5287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
NPHP1O15259 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.1 ms