Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 DENND1A-203ENST00000373624 5010 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 FBXO41-205ENST00000521871 7336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 ATRN-201ENST00000262919 8633 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 SPAST-203ENST00000615843 5212 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 MTSS1L-201ENST00000338779 4992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC17.85■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 CADPS2-208ENST00000615869 6066 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 BCL7A-203ENST00000538010 6247 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC17.84■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 IMPAD1-201ENST00000262644 7199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC17.84■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
HIF3AQ9Y2N7 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
HIF3AQ9Y2N7 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
HIF3AQ9Y2N7 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
HIF3AQ9Y2N7 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.8 ms