Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 KIAA1522-203ENST00000373481 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 ISLR2-210ENST00000565540 2780 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.05■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 ENPP1-201ENST00000360971 7442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 IL6R-202ENST00000368485 5914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC18.05■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 RIF1-204ENST00000430328 7992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 SNAI3-AS1-202ENST00000563475 2081 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 SMCHD1-201ENST00000320876 8821 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 ITSN2-201ENST00000355123 6300 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 ELF3-201ENST00000359651 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 PLA2R1-202ENST00000392771 5160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 ARL5A-201ENST00000295087 5326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 DAG1-220ENST00000539901 5665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 KDM6A-202ENST00000382899 5789 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 SNAPC3-202ENST00000380821 5680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 SIN3A-203ENST00000394949 4930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 ZNF697-201ENST00000421812 5041 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 HCN1-201ENST00000303230 9885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 ARNT-212ENST00000515192 2892 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 IGSF9B-206ENST00000533871 5050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC18.03■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC18.03■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC18.03■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC18.03■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC18.03■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 TBC1D4-202ENST00000377636 6364 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 CNOT6-202ENST00000393356 6303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 PCDH7-206ENST00000543491 4457 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 SEMA6B-201ENST00000586582 3986 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 TACC1-202ENST00000317827 7802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29 ms