Protein–RNA interactions for Protein: Q9H1J1

UPF3A, Regulator of nonsense transcripts 3A, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF3AQ9H1J1 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 BDKRB1-204ENST00000611804 1085 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC22.08■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 ABCD4-228ENST00000557588 763 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
UPF3AQ9H1J1 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.8 ms