Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 NOM1-201ENST00000275820 6077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 EGFL7-203ENST00000371699 2125 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 GPR146-201ENST00000397095 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC21.32■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC21.32■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 PRSS12-201ENST00000296498 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 PTGES2-AS1-201ENST00000443493 2100 ntBASIC21.31■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC21.3■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC21.3■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 CASR-204ENST00000638421 5088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 AL032819.2-201ENST00000624543 2162 ntBASIC21.29■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC42Q96M95 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.8 ms