Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC33.41■■■□□ 2.94
CUX1P39880 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC33.41■■■□□ 2.94
CUX1P39880 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC33.41■■■□□ 2.94
CUX1P39880 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC33.41■■■□□ 2.94
CUX1P39880 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
CUX1P39880 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC33.4■■■□□ 2.94
CUX1P39880 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.4■■■□□ 2.94
CUX1P39880 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.4■■■□□ 2.94
CUX1P39880 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.4■■■□□ 2.94
CUX1P39880 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.4■■■□□ 2.94
CUX1P39880 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC33.4■■■□□ 2.94
CUX1P39880 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
CUX1P39880 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.39■■■□□ 2.94
CUX1P39880 SCO2-202ENST00000395693 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
CUX1P39880 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
CUX1P39880 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
CUX1P39880 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC33.39■■■□□ 2.94
CUX1P39880 ALKBH6-213ENST00000486389 1525 ntTSL 3 BASIC33.38■■■□□ 2.93
CUX1P39880 BET1L-202ENST00000332865 533 ntTSL 5 BASIC33.38■■■□□ 2.93
CUX1P39880 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC33.38■■■□□ 2.93
CUX1P39880 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC33.38■■■□□ 2.93
CUX1P39880 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
CUX1P39880 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
CUX1P39880 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC33.38■■■□□ 2.93
CUX1P39880 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC33.38■■■□□ 2.93
CUX1P39880 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC33.38■■■□□ 2.93
CUX1P39880 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
CUX1P39880 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC33.38■■■□□ 2.93
CUX1P39880 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC33.38■■■□□ 2.93
CUX1P39880 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
CUX1P39880 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
CUX1P39880 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
CUX1P39880 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC33.37■■■□□ 2.93
CUX1P39880 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
CUX1P39880 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
CUX1P39880 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC33.37■■■□□ 2.93
CUX1P39880 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
CUX1P39880 AC009947.2-201ENST00000444014 672 ntBASIC33.37■■■□□ 2.93
CUX1P39880 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC33.37■■■□□ 2.93
CUX1P39880 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
CUX1P39880 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
CUX1P39880 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.36■■■□□ 2.93
CUX1P39880 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC33.36■■■□□ 2.93
CUX1P39880 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC33.36■■■□□ 2.93
CUX1P39880 CD70-202ENST00000423145 881 ntTSL 2 BASIC33.36■■■□□ 2.93
CUX1P39880 RPL39L-203ENST00000455270 653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.36■■■□□ 2.93
CUX1P39880 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC33.36■■■□□ 2.93
CUX1P39880 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC33.36■■■□□ 2.93
CUX1P39880 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
CUX1P39880 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
CUX1P39880 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
CUX1P39880 SLC35A2-217ENST00000635589 1424 ntTSL 2 BASIC33.36■■■□□ 2.93
CUX1P39880 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
CUX1P39880 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC33.35■■■□□ 2.93
CUX1P39880 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.35■■■□□ 2.93
CUX1P39880 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.35■■■□□ 2.93
CUX1P39880 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC33.35■■■□□ 2.93
CUX1P39880 ZNF575-205ENST00000601282 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.35■■■□□ 2.93
CUX1P39880 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
CUX1P39880 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC33.35■■■□□ 2.93
CUX1P39880 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC33.35■■■□□ 2.93
CUX1P39880 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
CUX1P39880 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
CUX1P39880 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
CUX1P39880 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
CUX1P39880 GGCT-202ENST00000275428 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
CUX1P39880 SCGB3A1-201ENST00000292641 521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
CUX1P39880 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC33.34■■■□□ 2.93
CUX1P39880 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC33.34■■■□□ 2.93
CUX1P39880 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC33.34■■■□□ 2.93
CUX1P39880 SPINK2-207ENST00000631082 392 ntTSL 5 BASIC33.34■■■□□ 2.93
CUX1P39880 AP000550.4-202ENST00000639755 178 ntBASIC33.34■■■□□ 2.93
CUX1P39880 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC33.34■■■□□ 2.93
CUX1P39880 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC33.34■■■□□ 2.93
CUX1P39880 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
CUX1P39880 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.34■■■□□ 2.93
CUX1P39880 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC33.34■■■□□ 2.93
CUX1P39880 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
CUX1P39880 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
CUX1P39880 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
CUX1P39880 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
CUX1P39880 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
CUX1P39880 RNF152P1-201ENST00000397754 604 ntBASIC33.33■■■□□ 2.93
CUX1P39880 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.33■■■□□ 2.93
CUX1P39880 TPGS2-221ENST00000614939 1268 ntTSL 4 BASIC33.33■■■□□ 2.93
CUX1P39880 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC33.33■■■□□ 2.93
CUX1P39880 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
CUX1P39880 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
CUX1P39880 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
CUX1P39880 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
CUX1P39880 ASNS-206ENST00000437628 1638 ntTSL 2 BASIC33.33■■■□□ 2.93
CUX1P39880 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
CUX1P39880 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.33■■■□□ 2.93
CUX1P39880 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
CUX1P39880 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
CUX1P39880 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
CUX1P39880 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
CUX1P39880 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC33.33■■■□□ 2.93
CUX1P39880 AC012618.3-202ENST00000440004 472 ntTSL 4 BASIC33.33■■■□□ 2.93
CUX1P39880 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC33.33■■■□□ 2.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.8 ms