Protein–RNA interactions for Protein: Q969F9

HPS3, Hermansky-Pudlak syndrome 3 protein, humanhuman

Predictions only

Length 1,004 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HPS3Q969F9 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 TMEM230-207ENST00000379286 1735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HPS3Q969F9 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
HPS3Q969F9 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
HPS3Q969F9 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
HPS3Q969F9 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
HPS3Q969F9 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
HPS3Q969F9 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
HPS3Q969F9 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
HPS3Q969F9 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
HPS3Q969F9 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
HPS3Q969F9 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
HPS3Q969F9 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.7 ms