Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.53■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 LENG9-203ENST00000611161 1916 ntAPPRIS P1 BASIC17.53■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 C3orf70-201ENST00000335012 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 EIF2B1-204ENST00000537073 1768 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
SKA3Q8IX90 CADPS-201ENST00000283269 4591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 KCTD15-202ENST00000430256 2555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 WISP2-202ENST00000372865 1518 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 PIP5K1C-201ENST00000335312 5080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SKA3Q8IX90 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.5 ms