Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC18■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC18■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 PARP15-202ENST00000464300 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.1 ms