Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 ELK1-202ENST00000343894 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 MADCAM1-203ENST00000382683 603 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 AC002467.1-201ENST00000457510 657 ntTSL 3 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC26.52■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 AC116562.4-202ENST00000641738 218 ntBASIC26.52■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.84
CCDC9Q9Y3X0 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 DDAH2-211ENST00000375787 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 C17orf49-208ENST00000552402 760 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 RFXANK-205ENST00000456252 1325 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 SCGB3A1-201ENST00000292641 521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 CATIP-AS1-202ENST00000441749 480 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 MAF1-201ENST00000322428 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 MINOS1-NBL1-204ENST00000602662 1623 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 ACY1-206ENST00000476351 1409 ntTSL 3 BASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 IFI27L2-206ENST00000556727 556 ntTSL 3 BASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 AC009542.2-201ENST00000637483 1189 ntTSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 AP000777.3-201ENST00000538705 491 ntTSL 3 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 AC011498.2-201ENST00000588798 540 ntTSL 3 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 AC012313.10-201ENST00000623509 926 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73.9 ms