Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 CPQ-201ENST00000220763 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 CHST2-201ENST00000309575 4582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 NRXN1-208ENST00000405472 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 DENND1A-203ENST00000373624 5010 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 ADAMTS19-201ENST00000274487 5234 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 TNXA-203ENST00000507684 2038 ntBASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 MORF4L1-201ENST00000331268 2359 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 FBLN7-202ENST00000331203 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 NFIB-208ENST00000397581 3318 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 CYGB-201ENST00000293230 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 P3H4-201ENST00000355468 2791 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 PRSS36-202ENST00000418068 2446 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 PHF12-202ENST00000332830 4759 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 KRT9-201ENST00000246662 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 MXD3-202ENST00000427908 2269 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.9 ms