Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 MTSS1L-204ENST00000616026 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 EDA-204ENST00000374553 5272 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 COBLL1-201ENST00000342193 4898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 ZNF74-202ENST00000400451 3159 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 MB21D1-202ENST00000370318 1917 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 COL4A3BP-201ENST00000261415 2262 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC15.77■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 TM9SF1-206ENST00000528669 2425 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 PKD1P1-201ENST00000458669 6805 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC15.77■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC15.77■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 AC005332.8-201ENST00000622750 2735 ntBASIC15.77■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 ADORA2A-215ENST00000618076 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 DAG1-201ENST00000308775 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC15.76■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 CYGB-201ENST00000293230 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 HEG1-201ENST00000311127 9156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 ITGB4-201ENST00000200181 5919 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 CROCC2-201ENST00000443866 5382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC15.76■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 CD8A-202ENST00000352580 1977 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 LRP4-201ENST00000378623 8076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 PCDHA13-201ENST00000289272 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 FZD10-202ENST00000539839 3282 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 LUC7L2-210ENST00000619796 2783 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 CNOT6-202ENST00000393356 6303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 DENND6B-201ENST00000413817 4939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC15.75■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 ADORA1-202ENST00000337894 2919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 FAM72C-202ENST00000584486 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.8 ms