Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC18.87■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC18.87■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC18.86■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC18.86■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC18.86■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC18.86■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC18.85■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC18.84■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
ATG4BQ9Y4P1 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.9 ms