Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 KRT8-216ENST00000552551 2126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 PRSS36-202ENST00000418068 2446 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 MXD3-202ENST00000427908 2269 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 ADORA1-202ENST00000337894 2919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.11■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 STX17-212ENST00000534052 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 MORC4-201ENST00000255495 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 KCTD2-201ENST00000322444 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 FGFR2-208ENST00000360144 3001 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC24.09■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 LUC7L2-210ENST00000619796 2783 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
BRPF3Q9ULD4 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.7 ms