Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS54Q9P1Q0 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.9 ms