Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC26■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 HLA-G-202ENST00000376815 851 ntBASIC26■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 HLA-G-203ENST00000376818 1127 ntBASIC26■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC26■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC26■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 ABHD11-207ENST00000458339 890 ntTSL 3 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 FDX2-206ENST00000492239 773 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC25.98■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.97■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC25.97■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
SHANK3Q9BYB0 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
SHANK3Q9BYB0 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC25.95■■□□□ 1.74
SHANK3Q9BYB0 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
SHANK3Q9BYB0 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC25.95■■□□□ 1.74
SHANK3Q9BYB0 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
SHANK3Q9BYB0 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
SHANK3Q9BYB0 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
SHANK3Q9BYB0 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
SHANK3Q9BYB0 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
SHANK3Q9BYB0 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
SHANK3Q9BYB0 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
SHANK3Q9BYB0 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC25.94■■□□□ 1.74
SHANK3Q9BYB0 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.9 ms