Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 CCNJL-203ENST00000393977 3320 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 NLE1-203ENST00000586869 5286 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC15.81■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 FBLN7-202ENST00000331203 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC15.81■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 ITGA8-201ENST00000378076 6755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC15.81■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 VAV1-210ENST00000602142 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 KDM6A-213ENST00000611820 5924 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 SENP2-201ENST00000296257 5717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 MAP4K4-205ENST00000350878 7640 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 SLC35F5-201ENST00000245680 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 CYTH1-209ENST00000589296 2159 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 AL355987.4-201ENST00000415992 4244 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 DAG1-220ENST00000539901 5665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 TLK2-203ENST00000346027 3449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 RPS6KA3-201ENST00000379565 7918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 MLXIP-201ENST00000319080 8427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 ALDH5A1-202ENST00000357578 5248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 SOCS3-201ENST00000330871 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 ZNF865-201ENST00000568956 4005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 BCL2-202ENST00000398117 7461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 ADNP2-201ENST00000262198 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 ZIC1-201ENST00000282928 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 PLA2R1-202ENST00000392771 5160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC15.79■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 UMOD-202ENST00000396134 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 DOC2B-203ENST00000613549 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 SGSM2-202ENST00000426855 4734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 ALDH1A3-201ENST00000329841 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 SYNPO-201ENST00000307662 5374 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.3 ms