Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 BBS5-202ENST00000392663 3107 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 SLC22A1-202ENST00000366963 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 SLC6A17-201ENST00000331565 6427 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 CLMP-201ENST00000448775 5072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 IL17RC-201ENST00000295981 2621 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 AL356309.3-201ENST00000624132 1934 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC16.46■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 CHRNA4-201ENST00000370263 5577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 LRRC4B-202ENST00000599957 3019 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
HOXA1P49639 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 PHF12-205ENST00000577226 7679 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 NFATC4-218ENST00000554966 2506 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 NFATC4-225ENST00000556169 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 FNBP1-202ENST00000420781 5410 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 KCNA7-201ENST00000221444 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 CACNA1A-214ENST00000614285 8410 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 PDE3B-201ENST00000282096 6076 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 ADCY6-202ENST00000357869 5748 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 UBE2O-201ENST00000319380 5436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 PHF20L1-209ENST00000395386 6237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 PMS1-206ENST00000418224 3018 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 WDTC1-201ENST00000319394 4819 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 PMEPA1-202ENST00000341744 4845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 PCCA-201ENST00000376279 2418 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXA1P49639 QPRT-202ENST00000395384 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.2 ms