Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
HIF3AQ9Y2N7 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
HIF3AQ9Y2N7 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
HIF3AQ9Y2N7 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
HIF3AQ9Y2N7 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
HIF3AQ9Y2N7 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
HIF3AQ9Y2N7 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
HIF3AQ9Y2N7 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
HIF3AQ9Y2N7 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
HIF3AQ9Y2N7 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
HIF3AQ9Y2N7 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
HIF3AQ9Y2N7 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
HIF3AQ9Y2N7 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
HIF3AQ9Y2N7 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
HIF3AQ9Y2N7 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
HIF3AQ9Y2N7 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
HIF3AQ9Y2N7 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
HIF3AQ9Y2N7 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
HIF3AQ9Y2N7 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
HIF3AQ9Y2N7 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC23.33■■□□□ 1.32
HIF3AQ9Y2N7 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
HIF3AQ9Y2N7 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HIF3AQ9Y2N7 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HIF3AQ9Y2N7 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HIF3AQ9Y2N7 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
HIF3AQ9Y2N7 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
HIF3AQ9Y2N7 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
HIF3AQ9Y2N7 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
HIF3AQ9Y2N7 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
HIF3AQ9Y2N7 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
HIF3AQ9Y2N7 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
HIF3AQ9Y2N7 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
HIF3AQ9Y2N7 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
HIF3AQ9Y2N7 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
HIF3AQ9Y2N7 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
HIF3AQ9Y2N7 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
HIF3AQ9Y2N7 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC23.28■■□□□ 1.32
HIF3AQ9Y2N7 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
HIF3AQ9Y2N7 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
HIF3AQ9Y2N7 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
HIF3AQ9Y2N7 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
HIF3AQ9Y2N7 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
HIF3AQ9Y2N7 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
HIF3AQ9Y2N7 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
HIF3AQ9Y2N7 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
HIF3AQ9Y2N7 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
HIF3AQ9Y2N7 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
HIF3AQ9Y2N7 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
HIF3AQ9Y2N7 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
HIF3AQ9Y2N7 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
HIF3AQ9Y2N7 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
HIF3AQ9Y2N7 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
HIF3AQ9Y2N7 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
HIF3AQ9Y2N7 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
HIF3AQ9Y2N7 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
HIF3AQ9Y2N7 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
HIF3AQ9Y2N7 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
HIF3AQ9Y2N7 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HIF3AQ9Y2N7 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HIF3AQ9Y2N7 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HIF3AQ9Y2N7 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HIF3AQ9Y2N7 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HIF3AQ9Y2N7 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HIF3AQ9Y2N7 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HIF3AQ9Y2N7 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HIF3AQ9Y2N7 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HIF3AQ9Y2N7 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HIF3AQ9Y2N7 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HIF3AQ9Y2N7 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
HIF3AQ9Y2N7 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HIF3AQ9Y2N7 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HIF3AQ9Y2N7 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
HIF3AQ9Y2N7 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HIF3AQ9Y2N7 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HIF3AQ9Y2N7 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HIF3AQ9Y2N7 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HIF3AQ9Y2N7 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HIF3AQ9Y2N7 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HIF3AQ9Y2N7 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
HIF3AQ9Y2N7 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
HIF3AQ9Y2N7 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
HIF3AQ9Y2N7 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HIF3AQ9Y2N7 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HIF3AQ9Y2N7 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
HIF3AQ9Y2N7 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
HIF3AQ9Y2N7 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
HIF3AQ9Y2N7 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
HIF3AQ9Y2N7 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
HIF3AQ9Y2N7 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
HIF3AQ9Y2N7 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
HIF3AQ9Y2N7 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
HIF3AQ9Y2N7 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
HIF3AQ9Y2N7 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
HIF3AQ9Y2N7 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
HIF3AQ9Y2N7 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
HIF3AQ9Y2N7 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
HIF3AQ9Y2N7 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
HIF3AQ9Y2N7 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
HIF3AQ9Y2N7 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
HIF3AQ9Y2N7 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.8 ms