Protein–RNA interactions for Protein: Q96A23

CPNE4, Copine-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 557 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPNE4Q96A23 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CPNE4Q96A23 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CPNE4Q96A23 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CPNE4Q96A23 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CPNE4Q96A23 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CPNE4Q96A23 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CPNE4Q96A23 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CPNE4Q96A23 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CPNE4Q96A23 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CPNE4Q96A23 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CPNE4Q96A23 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
CPNE4Q96A23 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CPNE4Q96A23 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CPNE4Q96A23 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CPNE4Q96A23 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CPNE4Q96A23 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CPNE4Q96A23 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CPNE4Q96A23 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CPNE4Q96A23 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CPNE4Q96A23 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CPNE4Q96A23 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
CPNE4Q96A23 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CPNE4Q96A23 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CPNE4Q96A23 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
CPNE4Q96A23 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CPNE4Q96A23 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CPNE4Q96A23 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CPNE4Q96A23 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CPNE4Q96A23 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CPNE4Q96A23 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CPNE4Q96A23 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CPNE4Q96A23 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CPNE4Q96A23 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CPNE4Q96A23 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CPNE4Q96A23 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CPNE4Q96A23 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CPNE4Q96A23 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CPNE4Q96A23 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CPNE4Q96A23 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CPNE4Q96A23 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CPNE4Q96A23 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
CPNE4Q96A23 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CPNE4Q96A23 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CPNE4Q96A23 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CPNE4Q96A23 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
CPNE4Q96A23 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CPNE4Q96A23 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CPNE4Q96A23 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CPNE4Q96A23 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CPNE4Q96A23 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CPNE4Q96A23 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CPNE4Q96A23 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CPNE4Q96A23 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CPNE4Q96A23 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CPNE4Q96A23 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CPNE4Q96A23 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CPNE4Q96A23 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CPNE4Q96A23 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CPNE4Q96A23 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CPNE4Q96A23 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CPNE4Q96A23 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CPNE4Q96A23 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CPNE4Q96A23 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CPNE4Q96A23 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CPNE4Q96A23 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CPNE4Q96A23 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CPNE4Q96A23 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CPNE4Q96A23 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
CPNE4Q96A23 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CPNE4Q96A23 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CPNE4Q96A23 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CPNE4Q96A23 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
CPNE4Q96A23 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
CPNE4Q96A23 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CPNE4Q96A23 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CPNE4Q96A23 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CPNE4Q96A23 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CPNE4Q96A23 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CPNE4Q96A23 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
CPNE4Q96A23 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
CPNE4Q96A23 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
CPNE4Q96A23 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CPNE4Q96A23 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CPNE4Q96A23 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CPNE4Q96A23 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CPNE4Q96A23 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CPNE4Q96A23 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CPNE4Q96A23 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CPNE4Q96A23 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CPNE4Q96A23 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CPNE4Q96A23 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CPNE4Q96A23 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CPNE4Q96A23 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CPNE4Q96A23 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
CPNE4Q96A23 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CPNE4Q96A23 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CPNE4Q96A23 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CPNE4Q96A23 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CPNE4Q96A23 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CPNE4Q96A23 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 74.4 ms