Protein–RNA interactions for Protein: P41225

SOX3, Transcription factor SOX-3, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX3P41225 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SOX3P41225 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SOX3P41225 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SOX3P41225 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SOX3P41225 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SOX3P41225 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SOX3P41225 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SOX3P41225 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
SOX3P41225 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SOX3P41225 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SOX3P41225 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SOX3P41225 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SOX3P41225 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SOX3P41225 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SOX3P41225 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SOX3P41225 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SOX3P41225 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SOX3P41225 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SOX3P41225 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SOX3P41225 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
SOX3P41225 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
SOX3P41225 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SOX3P41225 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SOX3P41225 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SOX3P41225 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SOX3P41225 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SOX3P41225 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SOX3P41225 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SOX3P41225 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
SOX3P41225 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SOX3P41225 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SOX3P41225 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SOX3P41225 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SOX3P41225 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SOX3P41225 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SOX3P41225 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
SOX3P41225 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SOX3P41225 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
SOX3P41225 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SOX3P41225 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SOX3P41225 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SOX3P41225 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SOX3P41225 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SOX3P41225 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
SOX3P41225 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SOX3P41225 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SOX3P41225 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SOX3P41225 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SOX3P41225 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SOX3P41225 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SOX3P41225 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SOX3P41225 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SOX3P41225 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SOX3P41225 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SOX3P41225 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SOX3P41225 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SOX3P41225 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SOX3P41225 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SOX3P41225 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SOX3P41225 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SOX3P41225 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SOX3P41225 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SOX3P41225 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SOX3P41225 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
SOX3P41225 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SOX3P41225 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SOX3P41225 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SOX3P41225 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SOX3P41225 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SOX3P41225 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SOX3P41225 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SOX3P41225 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SOX3P41225 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SOX3P41225 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SOX3P41225 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SOX3P41225 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SOX3P41225 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SOX3P41225 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SOX3P41225 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SOX3P41225 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SOX3P41225 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SOX3P41225 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SOX3P41225 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SOX3P41225 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SOX3P41225 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SOX3P41225 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SOX3P41225 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SOX3P41225 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SOX3P41225 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SOX3P41225 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SOX3P41225 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SOX3P41225 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SOX3P41225 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SOX3P41225 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
SOX3P41225 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
SOX3P41225 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SOX3P41225 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SOX3P41225 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SOX3P41225 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SOX3P41225 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.3 ms