Protein–RNA interactions for Protein: P28067

HLA-DMA, HLA class II histocompatibility antigen, DM alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 261 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-DMAP28067 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
HLA-DMAP28067 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
HLA-DMAP28067 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
HLA-DMAP28067 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
HLA-DMAP28067 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HLA-DMAP28067 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HLA-DMAP28067 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HLA-DMAP28067 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
HLA-DMAP28067 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
HLA-DMAP28067 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
HLA-DMAP28067 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
HLA-DMAP28067 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
HLA-DMAP28067 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HLA-DMAP28067 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HLA-DMAP28067 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HLA-DMAP28067 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HLA-DMAP28067 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HLA-DMAP28067 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HLA-DMAP28067 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
HLA-DMAP28067 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HLA-DMAP28067 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HLA-DMAP28067 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HLA-DMAP28067 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HLA-DMAP28067 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HLA-DMAP28067 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HLA-DMAP28067 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HLA-DMAP28067 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HLA-DMAP28067 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HLA-DMAP28067 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HLA-DMAP28067 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HLA-DMAP28067 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HLA-DMAP28067 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HLA-DMAP28067 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HLA-DMAP28067 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HLA-DMAP28067 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HLA-DMAP28067 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HLA-DMAP28067 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HLA-DMAP28067 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HLA-DMAP28067 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HLA-DMAP28067 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HLA-DMAP28067 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HLA-DMAP28067 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HLA-DMAP28067 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HLA-DMAP28067 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HLA-DMAP28067 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HLA-DMAP28067 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HLA-DMAP28067 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
HLA-DMAP28067 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
HLA-DMAP28067 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HLA-DMAP28067 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
HLA-DMAP28067 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
HLA-DMAP28067 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
HLA-DMAP28067 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
HLA-DMAP28067 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
HLA-DMAP28067 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
HLA-DMAP28067 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
HLA-DMAP28067 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HLA-DMAP28067 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HLA-DMAP28067 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HLA-DMAP28067 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HLA-DMAP28067 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HLA-DMAP28067 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HLA-DMAP28067 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HLA-DMAP28067 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HLA-DMAP28067 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
HLA-DMAP28067 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HLA-DMAP28067 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HLA-DMAP28067 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HLA-DMAP28067 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HLA-DMAP28067 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HLA-DMAP28067 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HLA-DMAP28067 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HLA-DMAP28067 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HLA-DMAP28067 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HLA-DMAP28067 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HLA-DMAP28067 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HLA-DMAP28067 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HLA-DMAP28067 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HLA-DMAP28067 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
HLA-DMAP28067 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HLA-DMAP28067 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HLA-DMAP28067 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HLA-DMAP28067 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HLA-DMAP28067 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HLA-DMAP28067 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HLA-DMAP28067 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HLA-DMAP28067 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HLA-DMAP28067 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
HLA-DMAP28067 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HLA-DMAP28067 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HLA-DMAP28067 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HLA-DMAP28067 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HLA-DMAP28067 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HLA-DMAP28067 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HLA-DMAP28067 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HLA-DMAP28067 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HLA-DMAP28067 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HLA-DMAP28067 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HLA-DMAP28067 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HLA-DMAP28067 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.5 ms