Protein–RNA interactions for Protein: P20908

COL5A1, Collagen alpha-1(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,838 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A1P20908 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL5A1P20908 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL5A1P20908 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL5A1P20908 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL5A1P20908 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL5A1P20908 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL5A1P20908 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL5A1P20908 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL5A1P20908 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL5A1P20908 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL5A1P20908 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL5A1P20908 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL5A1P20908 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL5A1P20908 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL5A1P20908 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL5A1P20908 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL5A1P20908 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL5A1P20908 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL5A1P20908 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL5A1P20908 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC25.39■■□□□ 1.66
COL5A1P20908 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL5A1P20908 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL5A1P20908 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL5A1P20908 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL5A1P20908 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL5A1P20908 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL5A1P20908 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL5A1P20908 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL5A1P20908 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL5A1P20908 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL5A1P20908 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL5A1P20908 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL5A1P20908 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL5A1P20908 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL5A1P20908 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL5A1P20908 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL5A1P20908 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL5A1P20908 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL5A1P20908 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL5A1P20908 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
COL5A1P20908 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL5A1P20908 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL5A1P20908 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL5A1P20908 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL5A1P20908 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL5A1P20908 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
COL5A1P20908 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL5A1P20908 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL5A1P20908 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL5A1P20908 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL5A1P20908 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL5A1P20908 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL5A1P20908 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL5A1P20908 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL5A1P20908 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL5A1P20908 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL5A1P20908 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL5A1P20908 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL5A1P20908 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL5A1P20908 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
COL5A1P20908 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL5A1P20908 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL5A1P20908 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL5A1P20908 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL5A1P20908 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL5A1P20908 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL5A1P20908 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL5A1P20908 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL5A1P20908 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL5A1P20908 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL5A1P20908 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL5A1P20908 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL5A1P20908 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL5A1P20908 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL5A1P20908 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
COL5A1P20908 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL5A1P20908 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL5A1P20908 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL5A1P20908 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL5A1P20908 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL5A1P20908 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL5A1P20908 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
COL5A1P20908 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL5A1P20908 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL5A1P20908 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL5A1P20908 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL5A1P20908 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL5A1P20908 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL5A1P20908 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL5A1P20908 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
COL5A1P20908 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL5A1P20908 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL5A1P20908 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL5A1P20908 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL5A1P20908 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL5A1P20908 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL5A1P20908 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL5A1P20908 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL5A1P20908 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL5A1P20908 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.6 ms