Protein–RNA interactions for Protein: O43196

MSH5, MutS protein homolog 5, humanhuman

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH5O43196 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
MSH5O43196 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC34.43■■■■□ 3.1
MSH5O43196 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC34.42■■■■□ 3.1
MSH5O43196 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC34.41■■■■□ 3.1
MSH5O43196 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.41■■■■□ 3.1
MSH5O43196 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.41■■■■□ 3.1
MSH5O43196 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC34.41■■■■□ 3.1
MSH5O43196 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC34.41■■■■□ 3.1
MSH5O43196 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.4■■■■□ 3.1
MSH5O43196 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.4■■■■□ 3.1
MSH5O43196 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.4■■■■□ 3.1
MSH5O43196 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC34.4■■■■□ 3.1
MSH5O43196 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
MSH5O43196 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
MSH5O43196 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
MSH5O43196 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
MSH5O43196 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.38■■■■□ 3.09
MSH5O43196 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC34.37■■■■□ 3.09
MSH5O43196 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.37■■■■□ 3.09
MSH5O43196 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
MSH5O43196 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
MSH5O43196 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.09
MSH5O43196 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.09
MSH5O43196 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.09
MSH5O43196 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.09
MSH5O43196 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
MSH5O43196 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.34■■■■□ 3.09
MSH5O43196 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC34.34■■■■□ 3.09
MSH5O43196 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
MSH5O43196 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC34.33■■■■□ 3.09
MSH5O43196 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC34.31■■■■□ 3.08
MSH5O43196 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
MSH5O43196 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
MSH5O43196 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
MSH5O43196 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.28■■■■□ 3.08
MSH5O43196 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC34.28■■■■□ 3.08
MSH5O43196 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
MSH5O43196 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
MSH5O43196 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
MSH5O43196 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
MSH5O43196 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.26■■■■□ 3.08
MSH5O43196 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
MSH5O43196 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
MSH5O43196 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
MSH5O43196 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC34.25■■■■□ 3.07
MSH5O43196 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
MSH5O43196 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.24■■■■□ 3.07
MSH5O43196 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC34.24■■■■□ 3.07
MSH5O43196 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
MSH5O43196 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.22■■■■□ 3.07
MSH5O43196 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC34.22■■■■□ 3.07
MSH5O43196 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC34.22■■■■□ 3.07
MSH5O43196 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC34.22■■■■□ 3.07
MSH5O43196 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC34.22■■■■□ 3.07
MSH5O43196 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC34.22■■■■□ 3.07
MSH5O43196 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.22■■■■□ 3.07
MSH5O43196 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC34.22■■■■□ 3.07
MSH5O43196 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC34.22■■■■□ 3.07
MSH5O43196 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC34.22■■■■□ 3.07
MSH5O43196 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC34.22■■■■□ 3.07
MSH5O43196 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
MSH5O43196 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC34.21■■■■□ 3.07
MSH5O43196 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC34.21■■■■□ 3.07
MSH5O43196 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC34.21■■■■□ 3.07
MSH5O43196 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC34.21■■■■□ 3.07
MSH5O43196 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC34.21■■■■□ 3.07
MSH5O43196 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
MSH5O43196 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.07
MSH5O43196 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.07
MSH5O43196 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.06
MSH5O43196 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
MSH5O43196 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC34.19■■■■□ 3.06
MSH5O43196 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
MSH5O43196 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC34.18■■■■□ 3.06
MSH5O43196 DCD-201ENST00000293371 645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
MSH5O43196 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC34.18■■■■□ 3.06
MSH5O43196 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC34.18■■■■□ 3.06
MSH5O43196 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
MSH5O43196 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC34.17■■■■□ 3.06
MSH5O43196 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
MSH5O43196 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
MSH5O43196 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC34.16■■■■□ 3.06
MSH5O43196 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC34.16■■■■□ 3.06
MSH5O43196 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC34.16■■■■□ 3.06
MSH5O43196 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC34.16■■■■□ 3.06
MSH5O43196 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.15■■■■□ 3.06
MSH5O43196 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
MSH5O43196 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
MSH5O43196 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
MSH5O43196 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
MSH5O43196 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
MSH5O43196 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
MSH5O43196 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC34.12■■■■□ 3.05
MSH5O43196 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC34.1■■■■□ 3.05
MSH5O43196 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC34.1■■■■□ 3.05
MSH5O43196 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
MSH5O43196 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
MSH5O43196 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
MSH5O43196 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
MSH5O43196 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC34.1■■■■□ 3.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 190.4 ms